IPC memiliki 12 Cabang Pelabuhan yang tersebar di 10 wilayah Indonesia yang beroperasi menangani berbagai aktivitas kepelabuhanan. Berikut adalah nama nama Cabang Pelabuhan dibawah naungan IPC:

1. Cabang Pelabuhan Tanjung Priok, Jakarta Utara
2. Cabang Pelabuhan Palembang, Sumatera Selatan
3. Cabang Pelabuhan Panjang, Lampung
4. Cabang Pelabuhan Pontianak, Kalimantan Barat
5. Cabang Pelabuhan Teluk Bayur, Sumatera Selatan
6. Cabang Pelabuhan Banten, Banten
7. Cabang Pelabuhan Bengkulu, Bengkulu
8. Cabang Pelabuhan Cirebon, Jawa Barat
9. Cabang Pelabuhan Jambi, Jambi
10. Cabang Pelabuhan Pangkal Balam, Bangka Belitung
11. Cabang Pelabuhan Sunda Kelapa, Jakarta Utara
12. Cabang Pelabuhan Tanjung Pandan, Bangka Belitung