IPC memiliki 12 Cabang Pelabuhan yang tersebar di 10 wilayah Indonesia yang beroperasi menangani berbagai aktivitas kepelabuhanan. Berikut adalah nama nama Cabang Pelabuhan dibawah naungan IPC:

1. Port of Tanjung Priok, North Jakarta
2. Port of Palembang, South Sumatera
3. Port of Panjang, Lampung
4. Port of Pontianak, West Kalimantan
5. Port of Teluk Bayur, South Sumatera
6. Port of Banten, Banten
7. Port of Bengkulu, Bengkulu
8. Port of Cirebon, West Java
9. Port of Jambi, Jambi
10. Port of Pangkal Balam, Bangka Belitung
11. Port of Sunda Kelapa, North Jakarta
12. Port of Tanjung Pandan, Bangka Belitung