Saat Singapura diberlakukan sebagai pelabuhan bebas internasional 1819, Pontianak menjadi poros terdepan Hindia Belanda dalam menarik sebagian perdagangan luar negeri. Pada 1834 pemerintah Hindia Belanda memberlakukan Pontianak dan Sambas sebagai pelabuhan bebas. Cabang Pelabuhan Pontianak berada di tepi sungai Kapuas yang menghubungkan area seluas 146,8 ribu km di provinsi Kalimantan Barat. Pelabuhan ini menjadi urat nadi perekonomian wilayah Pontianak, Sintete, Sambas, Sintang, Sanggau, Kapuas, Hulu, Telok Air, Ketapang dan Singkawang.

Cabang Pelabuhan Pontianak memiliki terminal peti kemas, dilengkapi dengan berbagai peralatan modern guna mendukung kegiatan bongkar muat secara optimal. Keberadaan sub-pelabuhan di sekitarnya, makin memperkuat posisi Cabang Pelabuhan Pontianak sebagai pelabuhan utama di Kalimantan Barat.