PT Pelabuhan Indonesia II (selanjutnya disebut “IPC” dan “Perseroan”) pada awalnya didirikan sebagai Perusahaan Umum (“Perum”) Pelabuhan II berdasarkan Peraturan Pemerintah (“PP”) No. 15 Tahun 1983 juncto PP No. 5 Tahun 1985. Perum Pelabuhan II merupakan Badan Usaha Milik Negara (“BUMN”) yang berada di bawah pembinaan Departemen Perhubungan Republik Indonesia. 

Berdasarkan PP No. 57 Tahun 1991, Perum Pelabuhan II mengalami pengalihan bentuk menjadi Perusahaan Perseroan (Persero). Sebagai tindak lanjut PP tersebut, PT Pelabuhan Indonesia II (Persero) didirikan berdasarkan Akta Notaris Imas Fatimah, S.H., No. 3 tanggal 1 Desember 1992. Akta pendirian ini telah memperoleh persetujuan dari Menteri Kehakiman Republik Indonesia dengan Keputusan No. C2- 4754.HT.01.01.TH.93 tanggal 17 Juni 1993.

Sejak terbentuknya Kementerian Badan Usaha Milik Negara pada tahun 1998, Perusahaan berada di bawah pembinaan Kementerian BUMN. Anggaran Dasar Perusahaan telah beberapa kali mengalami perubahan, terakhir berdasarkan Pernyataan Keputusan Pemegang Saham yang diaktakan dalam Akta Notaris No. 03 dari Notaris Nanda Fauz Iwan, S.H., M.Kn., tanggal 2 Agustus 2013 mengenai penambahan modal ditempatkan dan disetor penuh Perusahaan. Perubahan Anggaran Dasar tersebut telah diberitahukan kepada Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia melalui Surat Penerimaan Pemberitahuan No. AHU-AH.01.10-38219 tanggal 12 September 2013.